Antes da viagem
Sete anos antes dos acontecimentos principais, Harry Mason e sua esposa encontram um bebê abandonado e o adotam, dando a ela o nome Cheryl. O que eles não sabem é que a criança é metade da alma de Alessa Gillespie. Alessa havia sido usada por sua mãe, Dahlia, em um ritual destinado a fazer nascer a divindade cultuada pela seita de Silent Hill. Para impedir o ritual, Alessa divide sua alma: uma metade permanece nela; a outra torna-se Cheryl.
O acidente e o desaparecimento de Cheryl
Anos depois, viúvo, Harry viaja com Cheryl para Silent Hill. Próximo à cidade, ele vê a moto caída de uma policial e, pouco depois, uma garota surge no meio da estrada. Harry desvia e bate o carro. Quando desperta, Cheryl desapareceu. Seguindo uma figura que parece ser a filha, ele entra em um beco que se transforma em uma realidade de metal, ferrugem, escuridão e criaturas. Depois de perder a consciência, acorda em um café e conhece Cybil Bennett, a policial vista na estrada, que também tenta entender o que ocorreu.
Escola, igreja e hospital
A busca leva Harry à Midwich Elementary School, onde a cidade alterna entre a versão coberta por névoa e o Outro Mundo. Após sobreviver à escola, ele segue sinos até uma igreja e conhece Dahlia Gillespie. Ela afirma que uma garota demoníaca é responsável pela escuridão e entrega a Harry o Flauros, dizendo que o objeto poderá detê-la. No Alchemilla Hospital, Harry encontra o diretor Michael Kaufmann e a enfermeira Lisa Garland. Aos poucos, fica claro que o hospital, Kaufmann e Dahlia escondem a história de uma paciente gravemente queimada: Alessa.
A verdade sobre Alessa
A figura que Harry persegue não é uma inimiga tentando destruir a cidade: é a projeção de Alessa, que tenta completar símbolos e impedir que a deidade dentro dela nasça. Dahlia usa Harry. Quando ele finalmente encontra a garota, o Flauros ativa sozinho, neutraliza seus poderes e permite que Dahlia reúna as duas metades da alma — Alessa e Cheryl. Harry descobre então que Cheryl sempre esteve ligada a Alessa e que o sofrimento de Alessa, mantida viva no hospital por anos, projetou o pesadelo que engoliu Silent Hill.
Lisa, Cybil e Kaufmann
Lisa percebe que sua própria existência não é normal e que, assim como os outros seres presos naquele pesadelo, ela também morreu ou foi consumida pelo poder de Alessa. Sua cena final encerra a história da enfermeira que tentou cuidar da garota enquanto era controlada por Kaufmann. Cybil, por sua vez, pode ser possuída por um parasita e morrer pelas mãos de Harry ou ser salva com Aglaophotis. Kaufmann também pode reaparecer no clímax caso Harry investigue seu esquema no resort e descubra sua ligação com drogas e com Dahlia.
O ritual e os finais
No confronto final, Dahlia acredita que finalmente alcançou o nascimento de sua divindade. Dependendo das ações do jogador, Kaufmann usa Aglaophotis para forçar a entidade a sair de Alessa. Harry derrota a manifestação e, nos finais Good e Good+, Alessa lhe entrega um novo bebê — a reencarnação de Alessa e Cheryl — antes de abrir uma rota de fuga. Esse bebê é a criança que Harry criará como Heather/Cheryl e que protagonizará Silent Hill 3. O jogo também possui finais Bad, Bad+ e o tradicional final UFO. A sobrevivência de Cybil e a presença de Kaufmann determinam as principais variações.