O pesadelo do parque
Heather começa o jogo sonhando com o Lakeside Amusement Park transformado em um pesadelo. Ao despertar em um shopping, encontra o detetive Douglas Cartland, que diz possuir informações sobre seu nascimento. Ela foge dele e descobre que o centro comercial está praticamente vazio, tomado por monstros e por transições violentas para o Outro Mundo.
Claudia e a volta para casa
No shopping, Heather conhece Claudia Wolf, que fala sobre Paraíso, destino e a “verdadeira natureza” da garota. Depois de atravessar shopping, metrô, passagens subterrâneas e um edifício comercial, Heather chega em casa e encontra Harry Mason morto. Claudia assume a responsabilidade: o assassinato é vingança pelo que Harry fez ao culto no primeiro jogo e, ao mesmo tempo, uma forma de alimentar Heather com ódio.
Quem Heather realmente é
Heather parte para Silent Hill com Douglas. Pelo diário deixado por Harry, a verdade é explicitada: ela é a criança entregue a Harry por Alessa ao final do primeiro jogo, uma nova encarnação ligada a Alessa e Cheryl. O culto acredita que dentro dela cresce a divindade que tentou trazer ao mundo anos antes. Claudia, antiga amiga de Alessa, vê o nascimento dessa divindade como o caminho para um Paraíso sem sofrimento.
Brookhaven e Leonard
Em Silent Hill, Heather procura Leonard Wolf no Brookhaven Hospital. Pelo telefone, Leonard parece disposto a ajudá-la contra Claudia e fala do Selo de Metatron. Quando os dois se encontram, porém, Leonard reage com fanatismo ao descobrir que Heather não compartilha sua fé. Ele se transforma em uma criatura e é morto por Heather, que leva o selo consigo.
Parque de diversões e igreja
Heather atravessa o parque de diversões visto no sonho inicial. Douglas tenta impedir Claudia e fica ferido. Heather segue até a igreja do culto, onde encontra Vincent e Claudia. Vincent insiste que o Selo de Metatron pode impedir o nascimento; Claudia considera o objeto inútil e mata Vincent. A dor, o ódio e as memórias de Heather aceleram o parto da entidade.
O nascimento interrompido
Harry havia deixado para Heather um pingente contendo Aglaophotis. Ela ingere a substância e expulsa o feto da deidade. Claudia, desesperada para concretizar sua crença, engole o feto e se torna o novo receptáculo. A entidade nasce de forma incompleta. Heather a derrota e, após o confronto, permite-se finalmente lamentar Harry. No final Normal, ela reencontra Douglas e pede que ele a chame por seu nome de nascimento: Cheryl.