Prisão, vingança e acidente
Murphy Pendleton está preso depois de roubar uma viatura e atravessar fronteiras estaduais. Dentro da prisão, ele consegue acesso a Patrick Napier, homem que abusou e matou seu filho Charlie, e o mata. Mais tarde, durante uma transferência para outro presídio, o ônibus sofre um acidente próximo a Silent Hill. Murphy foge. A agente Anne Cunningham sobrevive e passa a persegui-lo com uma hostilidade que parece pessoal.
Devil’s Pit e Howard
Murphy atravessa áreas florestais e chega à atração turística Devil’s Pit. O carteiro Howard Blackwood aparece como uma figura que parece conhecer mais sobre a cidade do que diz. Murphy encontra J.P. Sater, ex-funcionário consumido pela culpa por um acidente que matou crianças. O encontro mostra cedo como Silent Hill transforma culpa em cenário e punição.
A cidade aberta e Bobby Ricks
Já na área urbana, Murphy explora bairros, prédios e missões paralelas. O DJ Bobby Ricks transmite músicas e mensagens tentando atrair Murphy. Ricks também está preso na cidade e possui um barco que poderia tirá-los dali, mas as chaves estão perdidas. Anne reaparece, e criaturas interrompem a tentativa de fuga.
O Bogeyman e Charlie
Em um mosteiro, Murphy é forçado a reviver a perda do filho. O Bogeyman, uma figura com um grande martelo, encarna o trauma e o desejo de vingança. Murphy admite que matar Napier não trouxe paz. A cidade não está simplesmente punindo um assassino: está obrigando Murphy a confrontar o que fez depois da morte de Charlie e as escolhas que permitiu que outros fizessem por ele.
Sewell e Frank Coleridge
A verdade mais importante envolve George Sewell. Para conseguir acesso a Napier, Murphy fez um acordo com o agente corrupto. Em troca, Sewell exigiu que ele atacasse Frank Coleridge, outro agente que tentava expor a corrupção. Frank sobreviveu inicialmente, mas ficou em estado vegetativo e morreu depois. Anne é filha de Frank — motivo de sua obsessão por Murphy.
Murphy como Bogeyman
Depois de tentar escapar de barco e ser baleado por Anne, Murphy acorda em uma prisão do Outro Mundo e enfrenta o Wheelman. No clímax, a perspectiva muda: para Anne, Murphy assume a forma do Bogeyman. O confronto final coloca os dois dentro da mesma cadeia de vingança. As escolhas do jogador definem se Murphy realmente atacou Frank, se Sewell o incriminou e se Anne consegue perdoá-lo.
O sentido dos finais
Os finais Forgiveness e Truth and Justice apontam Sewell como responsável pelo ataque a Frank e permitem que Anne deixe Murphy escapar; Truth and Justice ainda mostra Anne indo atrás de Sewell. Full Circle e Execution tratam Murphy como responsável direto e fecham a história de forma muito mais sombria. Reversal troca simbolicamente os papéis de Murphy e Anne. Há ainda um final de brincadeira com vários personagens reunidos.