Retorno a Shepherd’s Glen
Alex Shepherd acorda de um pesadelo e recebe carona de Travis Grady até sua cidade natal, Shepherd’s Glen. Ele acredita estar voltando do serviço militar e de uma internação por ferimentos. A cidade, porém, está deserta e coberta por névoa. Em casa, sua mãe Lillian mal reage ao mundo e diz que Adam, o pai de Alex, saiu à procura de Joshua, o irmão mais novo.
Os desaparecidos
Alex encontra Elle Holloway colando cartazes de pessoas desaparecidas e descobre que a crise atinge quase todas as famílias. Sua investigação o leva ao prefeito Bartlett e ao Dr. Fitch. Cada um perdeu um filho — Joey Bartlett e Scarlett Fitch — e cada encontro termina com uma criatura que representa a morte ritual daquela criança. Wheeler, um policial local, passa a ajudar Alex.
A Ordem e Silent Hill
Lillian é sequestrada por membros da Ordem. Alex, Elle e Wheeler cruzam o Lago Toluca rumo a Silent Hill, mas são capturados. Na penitenciária, Alex reencontra a mãe presa a um mecanismo de tortura e precisa decidir se encerra ou não seu sofrimento. Depois, na igreja da Ordem, escuta a confissão de Adam sem que o pai saiba com quem fala.
A mentira sobre o exército
Adam revela a Alex que ele nunca foi soldado. Depois da morte de Joshua, Alex foi internado em um hospital psiquiátrico e construiu mentalmente uma identidade militar. Pouco depois, Adam é morto pelo Bogeyman, criatura visualmente relacionada ao Pyramid Head. A revelação desmonta a versão que Alex tinha de si mesmo.
O pacto das quatro famílias
Judge Holloway explica a origem de Shepherd’s Glen. Quatro famílias romperam com a Ordem de Silent Hill e receberam permissão para fundar a cidade sob uma condição: a cada cinquenta anos, cada família sacrificaria um de seus filhos de uma forma predeterminada. Bartlett, Fitch e Holloway cumpriram o ritual. Os Shepherd deveriam sacrificar Alex.
O que aconteceu com Joshua
O sacrifício falhou porque Joshua morreu por acidente. Anos antes, Alex levou o irmão escondido para um passeio de barco. Com ciúmes do anel da família que Adam dera a Joshua, Alex tentou pegá-lo. Joshua caiu, quebrou o pescoço e morreu. Adam, que havia escolhido Alex como sacrifício, viu o pacto ruir. Incapaz de aceitar a culpa, Alex foi internado e passou a acreditar na história do exército.
Amnion e despedida
Alex mata Judge Holloway, liberta Elle e encontra Wheeler ferido. No núcleo do complexo, ele enfrenta Amnion, criatura ligada a Joshua. Após a luta, o corpo do irmão surge. Alex finalmente aceita o acidente, pede perdão e devolve a Joshua objetos importantes de sua infância. As decisões tomadas com Lillian, Adam e Wheeler alteram o destino final de Alex e dos sobreviventes.