O incêndio
Travis Grady dirige perto de Silent Hill quando uma manifestação de Alessa aparece na estrada. Ao persegui-la, encontra uma casa em chamas e entra para salvar uma menina gravemente queimada: a própria Alessa. Travis desmaia e desperta dentro da cidade, decidido a descobrir se a garota sobreviveu.
Hospital e espelhos
No Alchemilla Hospital, Travis encontra Michael Kaufmann e Lisa Garland. A exploração introduz o mecanismo dos espelhos: ao tocar determinados reflexos, Travis atravessa voluntariamente para o Outro Mundo. A presença de Alessa parece guiá-lo, e ele começa a recolher fragmentos de um objeto triangular que mais tarde formará o Flauros.
O passado de Travis
No Cedar Grove Sanitarium, Travis descobre registros sobre Helen Grady, sua mãe. Ela tentou matar o próprio filho, acreditando que havia algo maligno nele, e foi internada. Travis havia reprimido grande parte dessa memória. Mais tarde, no Riverside Motel, ele confronta lembranças do pai, Richard, que se suicidou após não conseguir lidar com a destruição da família. O Outro Mundo transforma esses traumas em confrontos monstruosos.
Dahlia, Alessa e o Flauros
Dahlia Gillespie surge e tenta manter Travis afastado da verdade. Alessa, ao contrário, usa Travis para reunir o Flauros. O artefato funciona como uma prisão para uma entidade e também amplifica o poder psíquico. Quando completo, Alessa consegue romper parte das limitações impostas por Dahlia e pelo culto.
O ritual que prepara Silent Hill
Travis chega ao local do ritual e encontra Alessa queimada cercada por membros do culto, entre eles Kaufmann. Ele é incapacitado, mas no plano mental enfrenta a entidade ligada ao Flauros e a sela. No final Good, Alessa usa sua oportunidade para dividir a própria alma e manifestar um bebê. Travis deixa a cidade enquanto essa criança é encontrada por Harry Mason e sua esposa. Eles a chamarão Cheryl — conectando diretamente Origins ao início do Silent Hill de 1999.