Uma reimaginação, não uma prequela
Shattered Memories usa a premissa básica do primeiro Silent Hill — Harry procurando Cheryl — mas não pertence à mesma continuidade. O jogo abre com uma sessão de psicoterapia conduzida pelo Dr. Kaufmann. As perguntas feitas ao jogador e seu comportamento alteram detalhes de personagens, ambientes e diálogos, enquanto a história de Harry é apresentada como se fosse uma lembrança em reconstrução.
A casa que não é mais dele
Depois de um acidente, Harry procura Cheryl e chega à casa onde acredita morar. Outra família vive ali. Cybil Bennett tenta levá-lo à delegacia, mas uma nevasca interrompe o caminho. Silent Hill alterna entre ambientes relativamente normais e um Pesadelo congelado, no qual Harry não combate criaturas: precisa fugir.
Michelle e Dahlia
Na escola, Michelle Valdez reconhece o nome Cheryl Mason, mas diz que aquela aluna seria muito mais velha. Ela oferece ajuda. Quando Harry volta após se afastar por instantes, Michelle parece ter sido substituída por uma jovem Dahlia, que afirma ser sua amante. Mais tarde surgem versões envelhecidas da mesma mulher, indicando que o problema não é apenas a cidade: o próprio sentido de tempo e identidade de Harry está errado.
Lisa e Cybil
Após um acidente de carro, Harry desperta no hospital e encontra Lisa Garland, uma enfermeira ferida. Ele a acompanha até casa; dependendo das ações do jogador, sua morte assume detalhes diferentes. Cybil passa a desconfiar cada vez mais de Harry e tenta confrontá-lo com informações encontradas nos registros da polícia.
O farol
Harry recebe a informação de que Cheryl está no farol. Depois de cruzar o lago congelado, Cybil finalmente revela o dado que desmonta tudo: Harry Mason morreu dezoito anos antes em um acidente de carro. O “farol” é, na verdade, a clínica de Kaufmann. A paciente das sessões é Cheryl adulta.
A verdadeira história
A jornada inteira foi uma narrativa psicológica criada por Cheryl para lidar com a morte do pai. O Harry que o jogador controla é uma construção idealizada, deformada conforme a maneira como Cheryl lembra os pais, o casamento e a infância. No clímax, Cheryl pode aceitar que o pai morreu e permitir que essa versão mental se desfaça, ou continuar agarrada à fantasia.
As fitas finais
O jogo encerra com gravações caseiras cujo conteúdo varia conforme o perfil psicológico criado pelas escolhas do jogador. Harry pode ser lembrado como um pai amoroso em uma separação, um alcoólatra agressivo, um homem infiel ou alguém dominado por Dahlia. As cenas não estabelecem uma única imagem objetiva: reforçam que Shattered Memories é sobre memória, percepção e a forma como Cheryl reconstruiu o pai.